明治維新以降、近代国家体制の構築に邁進した新政府は、1872年（明治5年）の太政官令によって入墨刑を廃止するとともに、同年11月に司法省が発令した違式註違条例を受けて旧幕臣出身である大久保一翁東京府知事が発した布告によって、装飾用途の刺青を入れる行為を禁止し、既に刺青を入れていた者に対しては警察から鑑札が発行された。

以降、1948年（昭和23年）まで日本における刺青は非合法の存在となり、刺青を施す行為は厳しく取り締まられ、当時の彫師達は取り締まりを恐れて住居を転々と移した。

しかし、日本の伝統的刺青の芸術性と高い技術は外国船の船乗りを通じて世界に広く知られ、1881年に英国のジョージ5世とアルバート皇子が来日した際に入れ墨を入れさせたと伝えられている。

また、1891年に皇太子時代のニコライ2世（ジョージ5世の従兄弟にあたる）とギリシャのゲルギオス皇子が来日した際にも両腕に龍の刺青を入れたことが知られている。

明治初期における厳しい取締りの後、刺青はある程度黙認される存在へと変わり、小泉又次郎（小泉純一郎の祖父）のように禁令後に刺青を入れながら政治家として活躍する人物も現れた。

また、刺青の持つ性的装飾としての側面や嗜虐性も、この時期から大衆文化のなかで再度クローズ・アップされはじめている。

こうした背景から、谷崎潤一郎の『刺青』発表の後、江戸川乱歩の「黒蜥蜴」のように現代まで継承されているキャラクターが出現したほか、横溝正史は多くの作品で刺青をモチーフとして、あるいは小道具として多用した事で知られている。